La historia sigue al principal protagonista Otonashi, un adolescente que perdió sus recuerdos de su vida después de morir. Al despertar en la otra vida, conoce a una chica llamada Yuri quien lo invita a unirse a la Shinda Sekai Sensen (SSS), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios, por el cruel destino que tuvo con sus hermanos en vida; los miembros de SSS con experiencia en la vida tienen como su único enemigo en la escuela a la presidente del consejo, Ángel, un ser con poderes sobrenaturales que se encarga de mantener el status quo y la lucha contra el SSS. Cualquiera que siga las órdenes de Ángel y se comporta como un estudiante normal en la escuela terminará por desaparecer "y pasar al Cielo", aunque las personas que realizan algo que ellos no pudieron hacer en vida también desapareceran.
En el SSS, hay dos sub-divisiones que ayudan en las operaciones de la SSS contra el Ángel. La primera es una banda de cuatro chicas llamada Girls Dead Monster, cuyo objetivo en el SSS es causar una distracción para las otras actividades que la SSS realiza. Esto incluye distraer a Ángel y un gran número de NPC's (estudiantes normales sin alma), esos estudiantes y maestros de la escuela que Yuri considera "personajes comunes", no son humanos, pero parecen y actúan igual a estos. Otra organización en el SSS es el Gremio, que se encuentra muy por debajo de la superficie del colegio, que sirve para subministrar las armas que el SSS usa en contra del Ángel. Cualquier persona en la otra vida es capaz de crear cualquier cosa de la tierra si el que la hace la recuerda de su vida anterior, y el Gremio utiliza esta capacidad para producir armas en masa.
